Salon Navigaatioseuran koulutusohjelmaan kuuluvat kaikki Suomen Navigaatioliitto ry:n koulutusjärjestelmän mukaiset laivurikurssit ja lisäksi Euroopan sisävesiliikenteeseen pätevöittävä CEVNI-kurssi. Merenkulkuopin teoriakursseja on kolme tasoa, jotka tulisi suorittaa järjestyksessä: saaristo, rannikko ja avomeri. Merenkulun kursseista järjestetään valtakunnalliset tutkinnot keväällä ja syksyllä. Tutkinnot laatii Suomen Navigaatioliitto ja seura vastaa järjestelyistä Salossa. Laivurikurssit järjestetään yhteistyössä Salon kansalaisopiston kanssa ja ilmoittautuminen on opiston normaali käytäntö. Muille kursseille otetaan ilmoittautumisia vastaan jatkuvasti ja kurssi toteutuu kun riittävä määrä ilmoituksia kertyy. Lisätietoja alla mainituista kursseista: pasi.rahkila@gmail.com
Saaristomerenkulku Navigoinnin peruskurssi, joka antaa perustiedot vesillä liikkumisesta, merikartan käytöstä, kompassiopista, paikanmäärityksestä, merenkulun turvalaitteista, reitin suunnittelusta ja vesiliikenteen säännöistä. Kurssin aikana suoritetaan runsaasti harjoitustehtäviä. Kurssi valmistaa tutkintoon, jonka suorittanut saa saaristolaivurin arvon.
Rannikkomerenkulku Navigoinnin jatkokurssi, jonka ohjelmassa on lisää paikanmääritystekniikoita, paikanmääritys sorron ja virran vallitessa, vuorovesiopin perusteet, merkintälasku, navigoinnin elektroniset apuvälineet, veneilijän sääoppi ja ulkomaanliikenteen säädökset. Kurssi valmistaa tutkintoon, jonka suorittanut saa rannikkolaivurin arvon.
Tähtitieteellinen merenkulkuoppi Ylin navigoinnin kurssi, se antaa teoreettiset valmiudet avomerellä tapahtuvaan paikanmääritykseen. Kurssilla opiskellaan taivaankappaleiden liikkeitä, tarkkaa ajanmääritystä ja tähtien tunnistamista sekä kuinka sekstantin ja merenkulun taulukoiden avulla tehdään paikanmääritys. Kurssi valmistaa tutkintoon, jonka suorittanut saa avomerilaivurin arvon.
CEVNI-kurssilla opiskellaan Euroopan sisävesisäännöstön (Code Européen des Voies de la Navigation Intérieure) perusteet, joiden hallitseminen on edellytys CEVNI-sopimukseen liittyneiden maiden kanavilla ja sisävesillä liikkumiseen. Osoitus tästä taidosta on kansainvälisen huviveneenkuljettajan kirjassa oleva I-merkintä (Intérieure), jonka saamiseksi on suoritettava Merenkulkulaitoksen hyväksymä tutkinto. Tämä tutkinto järjestetään kurssin päätteeksi.